Đáng chú ý, Thanh tra TP.HCM xác định 3 dự án: KCN Lê Minh Xuân 3, Khu dân cư tái định cư liền kề KCN Lê Minh Xuân 3 và KCN Lê Minh Xuân 2 (đều ở H.Bình Chánh) đầu tư trên phần đất do Công ty Cây trồng bàn giao chưa đảm bảo đầy đủ trình tự thủ tục theo quy định của luật Đất đai 2013. Quá trình triển khai 3 dự án trên, ngoài trách nhiệm của Công ty Cây trồng là đơn vị bàn giao đất, thì còn có một số tồn tại, thiếu sót thuộc trách nhiệm của các sở, ngành TP.HCM...
Đối với Công ty Bò sữa, Thanh tra TP.HCM xác định dự án Chăn nuôi bò giống, bò thịt ở tỉnh Lâm Đồng không mang lại hiệu quả, lỗ lũy kế đến năm 2015 hơn 11 tỉ đồng và phải bán dự án. Bên cạnh đó, công ty chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính chuyển mục đích sử dụng 2.838 m2 đất nông nghiệp sang đất chuyên dùng và xin phép thiết kế xây dựng mà tiến hành xây dựng văn phòng làm việc, chuồng trại, nhà kho trên đất là vi phạm pháp luật đất đai. Khi chuyển nhượng dự án và chuyển đàn bò về lại TP.HCM vào năm 2016, cả Công ty Bò sữa và SAGRI đã không báo cáo UBND TP.HCM.
Đối với dự án trồng 10.000 ha cây cao su tại Lào, một số đơn vị trực thuộc UBND TP.HCM (trong đó có Công ty Bò sữa) đã góp 225,7 tỉ đồng chi phí đầu tư cho dự án. Tuy nhiên, dự án chỉ trồng được 2.800 ha, sau đó có 1.800 ha cây bị chết, chỉ còn quản lý khai thác thực tế 1.000 ha, dự án hiện gặp nhiều khó khăn. Thanh tra TP.HCM cho rằng cần kiểm tra kết quả góp vốn thực hiện dự án của các cổ đông góp vốn trực tiếp, để đánh giá toàn diện hiệu quả đầu tư dự án, xác định trách nhiệm cá nhân, tổ chức có liên quan để có biện pháp xử lý sai phạm (nếu có) theo quy định của pháp luật.
Với các vi phạm, thiếu sót như trên, Chủ tịch UBND TP.HCM đã yêu cầu kiểm điểm và có hình thức xử lý trách nhiệm cá nhân, tổ chức liên quan để xảy ra sai phạm; kiểm tra, rà soát hồ sơ pháp lý, đề xuất hướng xử lý dứt điểm các vấn đề tồn tại...